特別教室棟には、１階に音楽室とトレーニングルーム、２階に美術室と軽スポーツ場があります。
　特別教室棟は新校舎ができるまでは図書館棟と呼ばれ、２階に図書館がありました。新校舎内に図書館が設置されたため、特別教室棟と名前が変わりました。

音楽室・美術室

　音楽室・美術室はそれぞれ芸術の授業や、放課後の部活動に使用されます。

トレーニング室・軽スポーツ場

　トレーニング室は普通科スポーツコースが設置されて間もない平成１６年に設置されました。基礎体力をつけるために充実した環境を整えています。

　軽スポーツ場はトレーニング等に利用したり、講演会を開催したりするなど幅広く活用されています。

セミナーハウス

　五島高校にはセミナーハウス「石城館」があります。厨房があり、自炊できるようになっています。
　現在は部活動の合宿やクラスの合宿で利用されています。連休や夏休みなどには島外の高校生が合宿に訪れることもあります。